R语言的maf_oncoplot.r怎么使用

本篇内容介绍了"R语言的maf_oncoplot.r怎么使用"的有关知识，在实际案例的操作过程中，不少人都会遇到这样的困境，接下来就让小编带领大家学习一下如何处理这些情况吧！希望大家仔细阅读，能够学有所成！

maf_oncoplot.r突变注释文件分类可视化maftools

使用方法:

Rscript /share/nas1/zhangll/MAF/code/maf_oncoplot.r -husage: /share/nas1/zhangll/MAF/code/maf_oncoplot.r [-h] -i maffile -m metadata                                                   -g group                                                   [-a additive [additive ...]]                                                   [-T topgene]                                                   [-l genelist [genelist ...]]                                                   [-t] [-o outdir]                                                   [-H height] [-W width]Mutation annotation file classificationvisualization:https://www..com/article/1518optional arguments:  -h, --help            show this help message and exit  -i maffile, --maf maffile                        input the maf file[required]  -m metadata, --meta metadata                        input metadata file path[required]  -g group, --group group                        input group id in metadata file to classification                        visualization[required]  -a additive [additive ...], --additive additive [additive ...]                        add additional class[optional,default: NULL]  -T topgene, --top topgene                        Number of top genes displayed [optional, default: 20]  -l genelist [genelist ...], --genelist genelist [genelist ...]                        the selected gene list to display [optional, default:                        NULL]  -t, --showtitle       whether show maftools title of plot [optional,                        default: False]  -o outdir, --outdir outdir                        output file directory [default cwd]  -H height, --height height                        the height of pic inches [default 8]  -W width, --width width                        the width of pic inches [default 8]

参数说明：

-i 突变注释文件maf的路径，可从TCGA数据库中直接下载：

-m metadata文件，病人样本的各种特征信息，必须包含以patient命名的患者TCGA编号列：

-g 指定metadata 分组列名，如果分组名字有空格，应该用引号引起来

-a 附加分组列名，结果将在图中显示

-T 可指定所要展示的top基因个数，默认20

-l 可指定所要展示的基因列表，基因之间用空格隔开，默认NULL

使用举例：

Rscript  /share/nas1/zhangll/MAF/code/maf_oncoplot.r  -i /share/nas1/zhangll/MAF/TCGA-ESCA.maf_maftools.maf -m /share/nas1/huangls/project/TCGA_ESCA/metadata.tsv -g gender

"R语言的maf_oncoplot.r怎么使用"的内容就介绍到这里了，感谢大家的阅读。如果想了解更多行业相关的知识可以关注网站，小编将为大家输出更多高质量的实用文章！