split_sample.r如何根据生存数据对样本随机分组

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split_sample.r根据生存数据对样本随机划分训练集测试集

使用方法:

usage: split_sample.r [-h] -i input [-e event] [-t time] [-p propotion]                      [-o outdir] [-n name]The complete data set is randomly divided into training set and test setoptional arguments:  -h, --help            show this help message and exit  -i input, --input input                        input matrix data [required]  -e event, --event event                        input event list ,default:EVENT  -t time, --time time  input time list,default:TIME  -p propotion, --propotion propotion                        input propotion of train set to test set,default:0.6  -o outdir, --outdir outdir                        output file directory [default cwd]  -n name, --name name  output file name prefix [default demo]

参数说明：

-i 输入矩阵文件

-e 文件中生存事件列名，默认为EVENT

-t 文件中生存时间列名，默认为TIME

-p 根据生存数据划分的训练集与测试集之间的比例，默认为6：4

-o 输出文件路径

-n 指定输出文件名字

使用举例：

Rscript split_sample.r -i ../project/zx-20210908-381-TCGA_CHOL/01_meta/survival_time.tsv

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