bioperl如何直接读取输出gz压缩格式的fasta序列

小编给大家分享一下bioperl如何直接读取输出gz压缩格式的fasta序列，相信大部分人都还不怎么了解，因此分享这篇文章给大家参考一下，希望大家阅读完这篇文章后大有收获，下面让我们一起去了解一下吧！

bioperl 直接读取输出gz压缩格式的fasta序列，代码示例：

die "perl $0 " unless(@ARGV==3);use Math::BigFloat;use Bio::SeqIO;use Bio::Seq;use Data::Dumper;use PerlIO::gzip;open $FI, "<:gzip", "$ARGV[1]" or die "$!";open $FO, ">:gzip", "$ARGV[2]" or die "$!";$in  = Bio::SeqIO->new(-fh => $FI ,                               -format => 'Fasta');$out = Bio::SeqIO->new(-fh => $FO ,                               -format => 'Fasta');

另一种写法也是可以的：

use Bio::SeqIO;use Bio::Seq;use Data::Dumper;use PerlIO::gzip;open FI, "<:gzip", "$ARGV[1]" or die "$!";open FO, ">:gzip", "$ARGV[2]" or die "$!";$in  = Bio::SeqIO->new(-fh => \*FI ,                               -format => 'Fasta');$out = Bio::SeqIO->new(-fh => \*FO ,                               -format => 'Fasta');

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