HECIL怎么用

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HECIL(Hybrid Error Correction of Long Reads using Iterative Learning): 这是一款基于二代数据比对，采用迭代学习的方法对pacbio 等长读长序列进行纠错的软件。

1. 软件的安装

安装比较简单，从github 上下载下来即可。

git clone https://github.com/NDBL/HECIL.git cd HECIL# 设置如下软件和脚本具有可执行权限，这一点非常的重要。chmod +x bwa samtools Align_Corr.sh

如果遇到samtools, bwa 依赖那个包，需要自己去安装相应的包,比如我在运行bwa 过程中，就需要依赖"/lib64/libc.so.6" 这个，解决方案就是自己从新下载一个bwa ，进行安装

2. 软件的运行

软件是一个python 脚本，所以运行时需要有python 2.7。

usage: HECIL.py [-h] -l LR -s SR -len LENGTH_SR -o OUTPUT [-lc LOW_CONFIDENCE]                [-c CUTOFF_QC] [-k CONFIDENCE_THRESHOLD]

参数说明：

-l : 长序列文件，fasta 格式

-s: 短序列文件，fastq 格式

-len: 短序列的长度

-o: 输出目录的名称

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