TCGAbiolinks错误Error in value[[3L]](cond)怎么解决

本篇内容介绍了"TCGAbiolinks错误Error in value[[3L]](cond)怎么解决"的有关知识，在实际案例的操作过程中，不少人都会遇到这样的困境，接下来就让小编带领大家学习一下如何处理这些情况吧！希望大家仔细阅读，能够学有所成！

在采用TCGAbiolinks 下载TCGA数据时，有时候会出现"Error in value[[3L]](cond) : GDC server down, try to use this package later"的错误。

这个错误一般不会出现，除非GDC的网站有问题，检测方法有两种：

1. 在R中运行如下命令：

> GenomicDataCommons::status()Error in curl::curl_fetch_memory(url, handle = handle) :   SSL certificate problem: Invalid certificate chain

从返回的信息看，是由于GDC网站的证书有问题。

2. 直接访问GDC的API站点，查看状态信息

遇到这样的问题，只能采用GDC的页面和数据下载工具 进行数据下载。

解决方案：

安装最新版本的TCGAbiolinks 即可：

# 先安装devtools包install.packages("devtools")devtools::install_github("BioinformaticsFMRP/TCGAbiolinks")

"TCGAbiolinks错误Error in value[[3L]](cond)怎么解决"的内容就介绍到这里了，感谢大家的阅读。如果想了解更多行业相关的知识可以关注网站，小编将为大家输出更多高质量的实用文章！