如何安装Augustus

小编给大家分享一下如何安装Augustus，相信大部分人都还不怎么了解，因此分享这篇文章给大家参考一下，希望大家阅读完这篇文章后大有收获，下面让我们一起去了解一下吧！

。Augusust是一款预测真核生物基因结构的软件,官网如下：

http://bioinf.uni-greifswald.de/augustus/

主要介绍该软件的安装过程，这个软件依赖很多其他软件，安装过程比较繁琐。这里我通过一个最基本的centos的docker 镜像进行演示,首先启动centos容器，命令如下

docker run -i -t --rm centos

1. 安装必须的库文件

yum install -y gcc gcc-c++ make automakeyum install -y boost boost-devel boost-docyum install -y zlib zlib-devel ncurses-devel bzip2-devel xz-develyum install -y git

2. 安装cmake

要求cmake的版本必须大于3.6,安装过程如下

curl -o  cmake-3.12.0.tar.gz  https://cmake.org/files/v3.12/cmake-3.12.0.tar.gztar xzvf cmake-3.12.0.tar.gzcd cmake-3.12.0./bootstrapmakemake install

3. 安装bamtools

必须从github上下载最新版，安装过程如下

git clone https://github.com/pezmaster31/bamtoolscd bamtools/mkdir build && cd buildcmake ../makemake install

4. 安装hitslib

git clone https://github.com/samtools/htslibcd htslib/autoheaderautoconf./configuremakemake install

5. 安装samtools

git clone https://github.com/samtools/samtoolscd samtools/autoheaderautoconf./configuremakemake install

6. 安装bcftools

git clone https://github.com/samtools/bcftoolscd bcftoolsautoheaderautoconf./configuremakemake install

7. 安装tabix

git clone https://github.com/samtools/tabixcd tabix/make

8. 安装augustus

首先设置htslib, samtools, bcftools, tabix 的安装目录，要求这些软件安装在同一个目录下，结构如下

tools/├── bcftools├── htslib├── samtools└── tabix

设置环境变量TOOLDIR, 命令如下

export TOOLDIR="/tools"

设置好之后，安装augustus的命令如下

wget http://bioinf.uni-greifswald.de/augustus/binaries/augustus-3.3.1.tar.gztar xzvf augustus-3.3.1.tar.gzcd augustus-3.3.1/makemake install

至此，安装才算成功。

以上是"如何安装Augustus"这篇文章的所有内容，感谢各位的阅读！相信大家都有了一定的了解，希望分享的内容对大家有所帮助，如果还想学习更多知识，欢迎关注行业资讯频道！