R语言的immune_box_plot.r怎么使用

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immune_box_plot.r 免疫侵润box分布图

使用方法

$ Rscript $scriptdir/immune_box_plot.r -husage: immune_box_plot.r [-h] -i filepath -m                                                       filepath -g group                                                       [-b groupby]                                                       [-p palette]                                                       [-G geom [geom ...]]                                                       [-T title] [-x xlab]                                                       [-y ylab] [-o path]                                                       [-n prefix] [-H number]                                                       [-W number]immune box plot : https://www..com/article/1497optional arguments:  -h, --help            show this help message and exit  -i filepath, --input filepath                        input immune result file[required]  -m filepath, --metadata filepath                        input metadata file path[required]  -g group, --group group                        group name from metadata to test[required]  -b groupby, --groupby groupby                        main group name from metadata to subset [default NULL]  -p palette, --palette palette                        fill palette in ggsci : eg npg lancet... for more                        info:https://nanx.me/ggsci/articles/ggsci.html                        [default lancet]  -G geom [geom ...], --geom geom [geom ...]                        set type of plot: boxplot, point, violin, splitviolin                        [default=boxplot]  -T title, --title title                        the label for main title [optional, default: 'imm']  -x xlab, --xlab xlab  input xlab [default cell type]  -y ylab, --ylab ylab  input ylab [default fraction]  -o path, --outdir path                        output file directory [default cwd]  -n prefix, --name prefix                        out file name prefix [default demo]  -H number, --height number                        the height of pic inches [default 5]  -W number, --width number                        the width of pic inches [default 8]

使用命令举例

#box图展示Rscript $scriptdir/immune_box_plot.r -i immu/ssgsea.res.tsv   \  -m metadata.group.tsv -g subtype.hclust  -y NES  \  -G boxplot  -o immu -n ssgse #splitviolin图展示Rscript $scriptdir/immune_box_plot.r -i immu/ssgsea.res.tsv   \  -m metadata.group.tsv -g subtype.hclust  -y NES  \  -G splitviolin  -o immu -n ssgse

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