linux下Circos怎么安装

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linux下Circos安装

circos下载地址：http://circos.ca/software/download/circos/

下载后解压：

tar xvfz circos-0.67-pre4.tgz

然后进去circos-0.67-pre4目录下的bin目录

cd  circos-0.67-pre4/bin

检查所需模块：

./circos -modulesok       1.26 Carpok       0.40 Cloneok       2.63 Config::Generalok       3.40 Cwdok      2.145 Data::Dumperok       2.55 Digest::MD5ok       2.84 File::Basenameok       3.40 File::Spec::Functionsok     0.2301 File::Temp

不是ok的都是缺少的perl模块，需要手动安装。

安装方法为使用perl CPAN安装这些perl模块。命令：

 perl -MCPAN -e shell

出现下面提示符，即可继续安装。

CPAN[1]>

以安装Clone模块为例，install命令安装，如下：

CPAN[1]>install  Clone

提示安装成功即可安装下一个模块。

如 perl -MCPAN -e shell命令失败，出现如下情况：

Can't locate CPAN.pm in @INC (@INCcontains: /usr/local/lib64/perl5 /usr/local/share/perl5/usr/lib64/perl5/vendor_perl /usr/share/perl5/vendor_perl /usr/lib64/perl5/usr/share/perl5 .). BEGIN failed--compilation aborted.

则需先安装perl-CPAN，命令如下：

yum install perl-CPAN

注意：

其中GD模块安装前需安装GD作图库，命令为：

yum install gd*

有些模块安装可能会失败，这时候可强制安装：

CPAN[1]>force  install  Clone

所有模块安装完后在检查一遍：

./circos -modules

全部为ok即可。

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