edgeR中怎么实现两组间差异分析操作

edgeR中怎么实现两组间差异分析操作，很多新手对此不是很清楚，为了帮助大家解决这个难题，下面小编将为大家详细讲解，有这方面需求的人可以来学习下，希望你能有所收获。

1. 读取文件

需要读取基因在所有样本中的表达量文件，示例如下

gene_id ctrl-1 ctrl-2 ctrl-3 case-1 case-2 case-3geneA 14  0  11  4  0  12geneB 125 401 442 175 59 200

每一行为一个基因，每一列代表一个样本。读取数据的代码如下

# 读取表达量的表格counts <- read.table(  "gene.counts.tsv",  header=T,  sep="\t",  row.names=1,  comment.char="",  check.names=F)# 设置样本分组groups <- factor(c(1,1,1,2,2,2))# 构建edgeR中的对象y <- DGEList(counts=count,group=group)

2. 过滤count数很低的基因

根据CPM表达量对基因进行过滤，代码如下

keep <- rowSums(cpm(y)>1) >= 2y <- y[keep, , keep.lib.sizes=FALSE]

3. 归一化

默认采用TMM归一化算法，计算每个样本的 sizefactor, 代码如下

y <- calcNormFactors(y)

4. 进行差异分析

代码如下

design <- model.matrix(~group)y <- estimateDisp(y,design)et <- exactTest(y)

5. 提取结果

将差异分析的结果保存到文件中，代码如下

res <- et$tablewrite.table(res, "edgeR.xls", header = T, col.names = NA, sep = "\t" )

看完上述内容是否对您有帮助呢？如果还想对相关知识有进一步的了解或阅读更多相关文章，请关注行业资讯频道，感谢您对的支持。