qiime2怎么使用

本篇内容介绍了"qiime2怎么使用"的有关知识，在实际案例的操作过程中，不少人都会遇到这样的困境，接下来就让小编带领大家学习一下如何处理这些情况吧！希望大家仔细阅读，能够学有所成！

qiime2 vsearch OTU pip 整理

### 方法1. DADA2   feature table   双端合并，去除嵌合体，截去接头序列降噪生成feature table 一步完成cd $workdirmkdir dada2echo dada2 startdatecd dada2                qiime dada2 denoise-paired \          --i-demultiplexed-seqs $workdir/demux.qza \          --p-n-threads 1 \          --p-trim-left-f 29 --p-trim-left-r 18 \          --p-trunc-len-f 0 --p-trunc-len-r 0 \          --o-table dada2-table_biom.qza \          --o-representative-sequences dada2-repset-seqs.qza \          --o-denoising-stats denoising-stats.qzaecho dada2 enddate

### 方法2. 外部导入特征表和代表序列(常用)  cd $workdirmkdir import_tablecd import_table# 上传我们生成的OTU表otu_table.txt和代表序列rep_set.fa# 转换文本为Biom1.0，注意biom --version 2.1.5/8可以，2.1.7报错qiime tools import --input-path $workdir/otu_table.biom \  --type 'FeatureTable[Frequency]' --input-format BIOMV100Format \  --output-path table_biom.qzaqiime tools import --input-path $workdir/otus.fa \  --type 'FeatureData[Sequence]' \ --output-path repset-seqs.qza

### 方法3. deblur  feature table    deblur只能输入合并好的序列，  速度比dada2快#因此先做序列处理，去除引物，合并，过滤低质量等等# Trim amplicon primers  去除引物序列   # 341f   # 806rqiime cutadapt trim-paired \  --i-demultiplexed-sequences $workdir/1.import_data/demux.qza \  --p-cores 4 \  --p-no-indels \  --p-front-f CCTAYGGGRBGCASCAG \  --p-front-r GGACTACNNGGGTATCTAAT  \  --o-trimmed-sequences primer-trimmed-demux.qza # Summarise the reads  查看结果qiime demux summarize \  --i-data primer-trimmed-demux.qza \  --o-visualization primer-trimmed-demux.qzv \#双端合并 qiime vsearch join-pairs \  --i-demultiplexed-seqs primer-trimmed-demux.qza \  --p-threads  4 \  --o-joined-sequences demux-joined.qza#查看合并结果qiime demux summarize \  --i-data demux-joined.qza \  --o-visualization demux-joined.qzv#质控过滤数据  qiime quality-filter q-score \  --i-demux demux-joined.qza \  --o-filtered-sequences demux-joined-filtered.qza \  --o-filter-stats demux-joined-filter-stats.qzaqiime metadata tabulate --m-input-file demux-joined-filter-stats.qza  \  --o-visualization demux-joined-filter-stats.qzv#生产feature table  自带去除嵌合体#deblur在denoising时需要输入整齐一样长度的序列，所以需要trim成相同的长度。这里需要用到前面join summary里我们记下来的join起来的质量有保障的序列大概有多长的数值。D#eblur的开发者们建议设置一个质量分数开始迅速下降的长度（recommend setting this value to a length where the median quality score begins to drop too low）。于#是本例中--p-trim-length为240。qiime deblur denoise-16S \  --i-demultiplexed-seqs demux-joined-filtered.qza \  --p-trim-length 240 \  --p-sample-stats \  --p-jobs-to-start 2 \  --p-min-reads 1 \  --o-representative-sequences rep-seqs.qza \  --o-table feature-table.qza \  --o-stats deblur-stats.qza#结果可视化qiime feature-table summarize \  --i-table feature-table.qza \  --o-visualization feature-table.qzvqiime deblur visualize-stats \  --i-deblur-stats deblur-stats.qza \  --o-visualization deblur-stats.qzv

### 方法4. q2 vsearch otuecho vsearch startdatecd $workdirmkdir vsearchcd vsearchqiime vsearch dereplicate-sequences \  --i-sequences $workdir/deblur/demux-joined-filtered.qza \  --o-dereplicated-table table.qza \  --o-dereplicated-sequences rep-seqs.qzaecho vsearch denovo startdate#denovo pick otuqiime vsearch cluster-features-de-novo \  --i-table table.qza \  --i-sequences rep-seqs.qza \  --p-perc-identity 0.99 \  --o-clustered-table table-dn-99.qza \  --o-clustered-sequences rep-seqs-dn-99.qzaecho vsearch close startdate#close reference qiime vsearch cluster-features-closed-reference \  --i-table table.qza \  --i-sequences rep-seqs.qza \  --i-reference-sequences 85_otus.qza \  --p-perc-identity 0.85 \  --o-clustered-table table-cr-85.qza \  --o-clustered-sequences rep-seqs-cr-85.qza \  --o-unmatched-sequences unmatched-cr-85.qzaecho vsearch open startdate#open referencedqiime vsearch cluster-features-open-reference \  --i-table table.qza \  --i-sequences rep-seqs.qza \  --i-reference-sequences 85_otus.qza \  --p-perc-identity 0.85 \  --o-clustered-table table-or-85.qza \  --o-clustered-sequences rep-seqs-or-85.qza \  --o-new-reference-sequences new-ref-seqs-or-85.qzaecho vsearch open enddate#denovo 去除嵌合体qiime vsearch uchime-denovo \  --i-table atacama-table.qza \  --i-sequences atacama-rep-seqs.qza \  --output-dir uchime-dn-out### 特征表和代表序列统计qiime feature-table summarize \  --i-table table_biom.qza \  --o-visualization table.qzv \  --m-sample-metadata-file $fastmapqiime feature-table tabulate-seqs \  --i-data repset-seqs.qza \  --o-visualization rep-seqs.qzv# 下载qzv在线查看，dada2只有1千多个ASV

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