Pacbio三代全长转录组中融合基因的示例分析

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Pacbio三代全长转录组(Iso-Seq 3) 中融合基因的分析，可以采用Cupcake 中的"fusion_finder.py" 这个脚本来分析。

fusion_finder.py --input  hq_isoforms.fastq --fq -s  hq_isoforms.fastq.sorted.sam  -o lq_isoforms.fasta.fusion --cluster_report_csv cluster_report.csv

参数说明：

hq_isoforms.fastq : 这个文件是在polish的结果中的hq fastq

hq_isoforms.fastq.sorted.sam : 这个是和基因组比对的sam

lq_isoforms.fasta.fusion: 这个是输出结果

cluster_report.csvZ: 这个是在cluster过程中的报告结果

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