R语言的exp_immu_cor_plot.r如何使用

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exp_immu_cor_plot.r 基因表达量与免疫侵润相关性绘图分析

使用方法：

$Rscript ../scripts/exp_immu_cor_plot.r -husage: ../scripts/exp_immu_cor_plot.r [-h] -e expset -i immu [-m method]                                      [-a alternative] [-n ncol] [-l]                                      [-x label.x.npc] [-y label.y.npc]                                      [-o outdir] [-H height] [-W width]scattor correlateion plot: https://www..com/article/1488optional arguments:  -h, --help            show this help message and exit  -e expset, --expset expset                        set event column name [required]  -i immu, --immu immu  input data file path[required]  -m method, --method method                        a character string indicating which correlation                        coefficient (or covariance) is to be computed. One of                        "pearson", "kendall", or "spearman". [default pearson]  -a alternative, --alternative alternative                        a character string specifying the alternative                        hypothesis, must be one of "two.sided" , "greater" or                        "less". You can specify just the initial letter.                        [default two.sided]  -n ncol, --ncol ncol  column num [default [default 4]  -l, --log2            Whether to do log2 transformation of gene expression                        [default FALSE]  -x label.x.npc, --label.x.npc label.x.npc                        value should be between 0 and 1. Coordinates to be                        used for positioning the label, expressed in                        "normalized parent coordinates". [default 0]  -y label.y.npc, --label.y.npc label.y.npc                        value should be between 0 and 1. Coordinates to be                        used for positioning the label, expressed in                        "normalized parent coordinates". [default 1]  -o outdir, --outdir outdir                        output file directory [default cwd]  -H height, --height height                        the height of pic inches [default 5]  -W width, --width width                        the width of pic inches [default 10]

使用举例：

Rscript ../scripts/exp_immu_cor_plot.r -e gene_exp1.tsv -i ../03.TIME/immu/timer.res.tsv -o timer_cor1 --log2

参数说明：

-e 指定输入指定基因的表达量,行为 基因，列为样本名称

-i 输入样本免疫侵润结果， 注意脚本会自动对两个文件里的样本取交集

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