如何使用ggraph包绘制展示相关性的网络图

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ggraph包绘制展示相关性的网络图

使用方法:

$Rscript scripts/corr_network.r -husage: scripts/corr_network.r [-h] -g GENE_DATA -p P_DATA -r R_DATA                              [-P P_VALUE] [-R R_VALUE] [-H HEIGHT] [-W WIDTH]                              [-o OUTDIR] [-f PREFIX]Network diagram of correlation：https://www..com/article/1574optional arguments:  -h, --help            show this help message and exit  -g GENE_DATA, --gene_data GENE_DATA                        Enter the file path that contains the gene symbol and                        gene grouping[required]  -p P_DATA, --p_data P_DATA                        input data file path[required]  -r R_DATA, --r_data R_DATA                        input data file path[required]  -P P_VALUE, --P_value P_VALUE                        P value of correlation[optional,default 0.05]  -R R_VALUE, --R_value R_VALUE                        the correlation coefficient[optional,default 0.3]  -H HEIGHT, --height HEIGHT                        the height of plot[optional,default 6]  -W WIDTH, --width WIDTH                        the width of plot[optional,default 6]  -o OUTDIR, --outdir OUTDIR                        output file directory[optional,default cwd]  -f PREFIX, --prefix PREFIX                        out file name prefix[optional,default m6a_corr]

参数说明：

-g 输入含有基因名称及基因分组的文件：

-r 输入相关性分析的R值结果文件：

-p 输入相关性分析的P值结果文件：

-P、-R

指定P值和R值的阈值，默认P值为0.05，R值为0.3

使用举例：

Rscript ../scripts/corr_network.r -g ../m6a.tsv -p m6a_corr_p.tsv \    -r m6a_corr_r.tsv -P 0.001 -R 0.4

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