qiime2分类器如何构建

本文小编为大家详细介绍"qiime2分类器如何构建"，内容详细，步骤清晰，细节处理妥当，希望这篇"qiime2分类器如何构建"文章能帮助大家解决疑惑，下面跟着小编的思路慢慢深入，一起来学习新知识吧。

qiime2 18S 分类器构建

##wget -c https://www.arb-silva.de/fileadmin/silva_databases/qiime/SILVA_132_QIIME_release.zip####unzip SILVA_132_QIIME_release.zipqiime tools import \ --type 'FeatureData[Sequence]' \ --input-path SILVA_132_QIIME_release/rep_set/rep_set_18S_only/99/silva_132_99_18S.fna \ --output-path 18S_SILVA132_99_otus.qzaqiime tools import \ --type 'FeatureData[Taxonomy]' \ --input-format HeaderlessTSVTaxonomyFormat \ --input-path SILVA_132_QIIME_release/taxonomy/18S_only/99/majority_taxonomy_all_levels.txt \ --output-path 18S_SILVA132_99_taxonomy.qza#长度过滤qiime rescript filter-seqs-length-by-taxon \    --i-sequences  18S_SILVA132_99_otus.qza \    --i-taxonomy 18S_SILVA132_99_taxonomy.qza \    --p-labels  Eukaryota \    --p-min-lens  1400 \    --o-filtered-seqs 18S_SILVA132_nr99-seqs-filt.qza \    --o-discarded-seqs 18S_SILVA132_nr99-seqs-discard.qza#重复序列合并qiime rescript dereplicate \    --i-sequences 18S_SILVA132_nr99-seqs-filt.qza  \    --i-taxa 18S_SILVA132_99_taxonomy.qza \    --p-rank-handles 'silva' \    --p-mode 'uniq' \    --o-dereplicated-sequences 18S_SILVA132-nr99-seqs-derep-uniq.qza \    --o-dereplicated-taxa 18S_SILVA132-tax-derep-uniq.qza#全长分类器构建qiime feature-classifier fit-classifier-naive-bayes \  --i-reference-reads  18S_SILVA132-nr99-seqs-derep-uniq.qza \  --i-reference-taxonomy 18S_SILVA132-nr99-tax-derep-uniq.qza \  --o-classifier 18S_SILVA132-nr99-classifier.qza###http://www.earthmicrobiome.org/protocols-and-standards/18s/ 39qiime feature-classifier extract-reads  \   --i-sequences 18S_SILVA132_99_otus.qza \ --p-f-primer GTACACACCGCCCGTC \ --p-r-primer TGATCCTTCTGCAGGTTCACCTAC \ --p-max-length 150 \ --o-reads ref-seqs_18S_99_SILVA132_RL150.qzaqiime feature-classifier fit-classifier-naive-bayes \  --i-reference-reads ref-seqs_18S_99_SILVA132_RL150.qza \  --i-reference-taxonomy 18S_SILVA132_99_taxonomy.qza \  --o-classifier 18S_EMB_SILVA132_classifier.qzaqiime feature-classifier fit-classifier-naive-bayes \ --i-reference-reads 18S_SILVA132_99_otus.qza \ --i-reference-taxonomy 18S_SILVA132_99_taxonomy.qza \ --o-classifier 18S_full_SILVA132_classifier.qza

读到这里，这篇"qiime2分类器如何构建"文章已经介绍完毕，想要掌握这篇文章的知识点还需要大家自己动手实践使用过才能领会，如果想了解更多相关内容的文章，欢迎关注行业资讯频道。