AWK怎么提取所有基因位置信息

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从基因组注释信息GFF文件中提取所有基因位置信息

gff文件当中存储了基因组当中所有基因的注释信息，如果想得到基因组当中所有基因的位置信息可以利用awk命令批量的提取，命令如下：

$ grep -v '#' Arabidopsis_thaliana.TAIR10.41.gff3|awk -F "[\t=:;]" 'BEGIN{OFS="\t"}$3=="gene"{print $1,$4,$5,$10}' |head1       3631    5899    AT1G010101       6788    9130    AT1G010201       11649   13714   AT1G010301       23121   31227   AT1G010401       31170   33171   AT1G010501       33365   37871   AT1G010601       38444   41017   AT1G010701       44970   47059   AT1G010801       47234   49304   AT1G010901       49909   51210   AT1G01100

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