R语言中如何进行GO注释和富集分析

GO注释和富集分析使用TBtools完成

小编使用的数据是甜樱桃叶绿体蛋白编码基因做GO注释，然后挑部分基因做富集分析，挑选的基因是

rpoC1
rpoB
rpoA
rpoC2
atpI
atpF
atpE
atpH
atpB
atpA
accD
rbcL
rpl22
rpl23
rpl20
rps8
rps7
rps16
rps15
rps14
rps18

做完富集分析得到文件GOenrichmentOutput.txt..GO.Enrichment.final.xls
根据GOplot包的示例数据挑选出其中的5列

Class GO_Name GO_ID GenesOfSelectedSetInGOterm corrected p-value(BH method)

作为数据集1
数据集2包括

ID,logFC,AveExpr,t,P.Value,adj.P.Val,B

数据集2的列变量应该都是转录组数据分析的结果
比如logFC应该是倍数变化Fold change 然后取log
AveExpr应该是平均表达量等
然后模仿帮助文档的例子构造数据集

help(package="GOplot")
library(GOplot)
data(EC)
file1<-file.choose()
file2<-file.choose()
df1<-read.table(file1,sep="\t",header=T)
df2<-read.csv(file2,header=T)
colnames(df1)<-colnames(EC$david)
df<-circle_dat(df1,df2)
dim(df)
df

• 气泡图

GOBubble(df)

• 加一些参数的气泡图

GOBubble(df,table.legend = F,table.col = T,ID=T,
         display = "multiple")+
  scale_x_continuous(limits=c(0,5))+
  scale_y_continuous(limits = c(0,10))

• 弦图

pdf("chordpra.pdf",height=15,width = 15)
chord<-chord_dat(df,sample(df$genes,6),sample(df$term,8))
GOChord(chord)
dev.off()

现在基本可以根据自己的数据来构造GOplot的输入文件